Bilardo asumió esta función el 28 de octubre del 2008 junto a la designación del astro Diego Maradona como director técnico. Luego de la ida de Maradona, el 27 de julio de 2010, cuando la AFA decidió no renovarle el contrato, el Doctor continuó en el cargo en el ciclo de Sergio Batista, que asumió el 2 de noviembre de ese año y fue despedido el 25 de julio de 2011. También mantuvo su puesto cuando Alejandro Sabella fue presentado en el predio de Ezeiza, el 6 de agosto de 2011, como entrenador del seleccionado argentino.

Y ahora, tras la decisión de Sabella de no firmar un nuevo contrato luego del subcampeonato en el Mundial Brasil 2014, y la reciente muerte del presidente de la AFA, Julio Grondona, Bilardo tomó la decisión de dar un paso al costado antes de la llegada de Gerardo Martino como nuevo DT de Argentina.

El Narigón tomó hoy sus últimas pertenencias del predio de AFA y se alejó de un lugar que tuvo su impronta y lo puso en un sitial del que nadie lo desplazará en la historia del fútbol argentino.